מטרת ניתוח החניכיים היא לעצור את התקדמות המחלה ולמנוע אובדן שיניים. הטיפול הכירורגי הקונבנציונאלי מאפשר גישה לצמצום כיסים. במהלך הניתוח, החניכיים תופרדנה מהשיניים כדי לחשוף את השורשים ועצם הלסת. בתהליך נסלק את החיידקים, האבנית והרקמות הפגועות
בסיום הטיפול, החניכיים תוחזרנה למקומן על ידי תפר. כתוצאה מצמצום הכיסים, החניכיים יבריאו ויצמדו לשיניים. לעיתים, עלולות להופיע תופעות לוואי כמו רגישות לקור או רווחים גדולים בין השיניים. תופעות אלו יכולות לחלוף במשך הזמן. במקרים מסויימים, ניתן יהיה לשחזר או לבנות מחדש את עצם הלסת הנגועה בעזרת השתלות עצם ושימוש בממברנות או בחלבוני גדילה המעודדים את חידוש הרקמות.
מצב תקין של החניכיים לאחר הניתוח מותנה בשמירה קפדנית ומתמדת של המטופלים להיגיינה אוראלית נכונה ובהסרת אבנית תקופתית
טיפול רגנרטיבי (GUIDED TISSUE REGENERATION) במחלות חניכיים
במחלה פריודונטלית מתקדמת, עצם הלסת נפגעת ונספגת עם הרס הרקמות התומכות את השן בלסת ולא ניתן לרפא פגיעה זו באמצעות ניתוחים רגילים. הטיפול הרגנרטיבי הוא פתרון לשחזור הרקמות הפגועות. הטיפול משלב שימוש בהשתלת עצם, ממברנה ובחלבוני גדילה.